سخنگوی اخوان‌المسلمین در واکنشی شدید به سخنان ولایتی، تاکید کرد که این گروه از جمهوری اسلامی به‌دور است و با نفوذ شیعه در مصر مقابله می‌کند. به گفته رسانه‌های عربی سفر گردشگران ایرانی به مصر نیز بزودی لغو می‌شود.
احمد عارف، سخنگوی اخوان‌المسلمین مصر، به شدت به سخنان علی‌اکبر ولایتی، مشاور بین‌الملل رهبر جمهوری اسلامی، اعتراض کرد. عارف تاکید کرد که "اخوان المسلمین به شدت از مذهب شیعه به دور" است.
علی اکبر ولایتی، نامزد ریاست جمهوری در انتخابات خرداد ۱۳۹۲، در مجمع جهانی بیداری اسلامی گفته بود: «ما با اخوان‌المسلمین دوست هستیم و به آنها کمک می‌کنیم و در بین گروه‌های اسلامی، اخوان المسلمین از نظر عقیدتی از همه به ما نزدیکتر است.»
احمد عارف تصریح کرد: «اخوان المسلمین بارها تکرار کرده است که مذهب سنی خط قرمز ماست و اجازه عبور از آن را به کسی نمی‌دهیم.»
سخنگوی این گروه اسلام‌گرا در گفت‌وگویی با روزنامه مصری "الیوم" افزود: «کی گفته ما به شما نزدیکیم؟ سخنان ولایتی به شدت از واقعیت بدور است و اخوان المسلمین با هر گونه هجوم فرق مذهبی به مصر مقابله می‌کند.» عارف تاکید کرد که روابط سیاسی میان جمهوری اسلامی و مصر "ربطی به مذهب" ندارد.
تاکید احمد عارف بر "تفاوت‌های عقیدتی" میان جمهوری اسلامی و اخوان‌المسلمین تنها ابعاد مذهبی ندارد، بلکه بیانگر اختلافات اساسی میان دو کشور در بعد سیاست خارجی نیز محسوب می‌شود. محمد مرسی، رئیس‌جمهور مصر و یکی از رهبران اخوان‌المسلمین، به شدت مخالف رژیم اسد است و به گروه‌های اپوزیسیون سوری یاری می‌رساند. درمقابل ایران مهم‌ترین حامی بشار اسد در منطقه به شمار می‌آید و مقامات جمهوری اسلامی تا کنون بارها تکرار کرده‌اند که با تمام توان از سرنگونی اسد جلوگیری خواهند کرد.
حمله به دیپلمات ایرانی و لغو سفر گردشگران ایرانی به مصر
در عصر جمعه (۵ آوریل/۱۶ فروردین) نیز شماری از اسلام‌گرایان افراطی به منزل مجتبی امانی، حافظ منافع جمهوری اسلامی در مصر، حمله کردند. مهاجمان با پرتاب سنگ و "شعارهایی علیه مذهب شعیه" خواهان لغو اجازه سفر گردشگران ایرانی به مصر شدند.
سایت خبری "العربیه" به نقل از وزارت گردشگری مصر نوشت که دستور توقف سفر گردشگران ایرانی به این کشور تا نیمه دوم ماه ژوئن صادر شده است.
صدور این دستور تنها یک هفته پس از سفر نخستین گردشگران ایرانی به مصر صورت می‌گیرد. ۵۰ گردشگر ایرانی تحت تدابیر شدید امنیتی پس از ۳۴ سال اجازه یافتند به سرزمین تاریخی مصر سفر کنند.
سفر ایرانیان به مصر به دنبال امضاء تفاهم‌نامه‌ای میان هشام زعزوع، وزیر گردشگری مصر، و مقامات ایرانی در تهران صورت گرفت. محافل سیاسی در مصر می‌گویند که وزیر گردشگری این کشور ملاقاتی با رهبران گروه‌های سلفی داشته و به آنان اطمینان داده است که "مانع گسترش نفوذ شیعیان در مصر" خواهد شد.
بر اساس گزارش "العربیه"، گردشگران ایرانی فقط از مناطق تاریخی مثل شهر اقصر، اسوان و دره شاهان دیدن کرده‌اند و اجازه بازدید از اماکن مهم مذهبی مصر را همچون دانشگاه الازهر، مسجد آل‌بیت و مسجد الرفاعی، محلی که پادشاه پیشین ایران در دفن است، نداشته‌اند.